Bərpa işləri zamanı 2021-ci ilin iyuna ayında mehrabın altı qazılarkən oradan böyük ölçülü sal daşları aşkar olunub. O zaman həmin hissədə bərpa işləri dayandırılıb və Şəki arxeoloji ekspedisiyası tərəfindən yoxlamalar aparılıb, ekspedisiyanın apardığı tədqiqat və qazıntı işləri nəticəsində həmin hissədən qəbir aşkar olunub. Qəbirdən 52 muncuq və tunc təsbeh başlığının tapılması dəfn olunanın yüksək dini və ya dövlət statuslu şəxs olması ehtimalını yaradırdı. Bu ehtimallar, eləcə də Salman Mümtazın əsərində Şəki xanı Məhəmmədhüseyn xan Müştağın Xan məscidinin mehrabının altında dəfn olunmasına dair qeydlərin olması əsas götürülməklə aşkarlanan tapıntılar üzrə yoxlamalar aparılmışdı. Heydər Əliyev Fondunun dəstəyi ilə aşkar olunan skeletdən nümunələr götürülmüş, radiokarbon və genetik analizlər aparmaq üçün Böyük Britaniyanın Oksford Universitetinin laboratoriyasına göndərilmişdi. Aşkar olunan skelet nümunələri və məscid ərazisindəki xan nəslinə aid digər qəbirlərdən götürülən nümunələr əsasında Böyük Britaniya ilə yanaşı, Avstriya, Estoniya və Türkiyədə də tədqiqatlar və genetik analizlər aparılıb. Laborator analizlərin nəticəsinə, eləcə də AMEA Arxeologiya, Etnoqrafiya və Antropologiya İnstitutunun elmi rəyinə əsasən, aşkar edilən qəbir Şəki xanı Məhəmmədhüseyn xana aiddir.